海南省科学发展研究院研究领域下设六个研究部门：经济研究部、管理科学研究部、生态环境研究部、社会研究部、南海研究中心、模拟仿真中心。

一、经济研究部：

研究宏观经济、产业经济、区域经济等发展规律和发展趋势；研究相关领域的新理论、新方法；研究中长期经济发展战略、策略，研究产业结构与产业布局,开展区域经济、行业经济等发展战略咨询。

二、管理科学研究部：

跟踪管理科学与工程、系统科学、信息科学领域等的前沿理论、方法；研究宏观经济、产业经济、区域经济等的管理方法、工具、理论；研究政府公共管理、行业管理、企业管理等的方法、工具、理论，开展相关领域的管理咨询服务。

三、社会研究部：

研究分析社会发展现状及运行特点；分析社会心理、社会阶层、社会生态等领域的特征；系统归纳社会学的基本规律、工具、方法；组合创新社会管理工具、方法、理论，开展社会管理策略咨询服务。

四、生态环境研究部

研究生态与地理、资源与环境领域的新理论、新技术、新动态；研究生态的经济承载力；研究生态与经济协同过程的中规律、方法、工具，开展生态系统可持续发展规划及发展策略咨询。

五、南海研究中心

研究海洋经济开发的相关理论、方法、工具，研究海上强国的理论、方法、工具，系统匹配海洋经济建设与海上强国建设，为相关机构提供决策参考。

六、模拟仿真中心

模拟经济、社会、生态等系统中相关要素信息、数据、新闻等进行系统计算，仿真经济、社会、生态等系统的客观规律，分析经济、社会、生态等系统的发展趋势。